Управление учреждением осуществляется администрацией Центра во главе с директором Стебеневой Наталией Викторовной в соответствии с действующим законодательством РФ, Уставом Центра и строится на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.

В Центре формируются коллегиальные органы управления, к которым относятся общее собрание трудового коллектива, Управляющий совет, педагогический совет.